Первый деревянный храм Преображения Господня с двумя приделами был возведен строительницей монастыря игуменьей Евфимией на таможенные доходы. Ещё в 1696 году была выдана храмозданная грамота на строительство каменной Спасо-Преображенской церкви. Пожар 1697 года, во время которого погорели две монастырские церкви и кельи все «без остатку», ускорил начало каменного строительства в монастыре. Строительство Преображенского храма взял на себя местный купец Илья Андреев Гостев, подрядив каменщиков из жителей хлыновского посада - Ивана Никонова, Тихона Чернядева, Михайло Старкова и Исака Москвитинова. Спаянной артелью трудились первые вятские мастера каменного дела, украшали храмами на рубеже XVII - XVIII столетий родной Хлынов, тем самым положив начало местной школе каменного зодчества.
Главный престол церкви по настоянию строителя освятили в честь его патрона - Ильи Пророка, а Преображенский храм сделали придельным. Объёмно-планировочное решение здания традиционно для небольших приходских построек. Основной бесстолпный четверик с тремя полукружиями апсид был дополнен трапезной, которая использовалась для службы зимой, и колокольней над папертью с палатками. Двухсветный куб храма, перекрытый сомкнутым сводом, первоначально завершался декоративным пятиглавием, (сохранились основания всех пяти глав, скрытые более поздним чердачным перекрытием), которое в XIX в. заменили одной главой.
Архитектурная композиция фасадов выдержана в духе русского «узорочья» середины XVII столетия. Виртуозная резьба по камню, пластичное оформление наличников, нарядные кокошники, широкие ленты карнизов и сочные спаренные полуколонки, разделённые поребриком, придают храму праздничность и нарядность, что характерно для фольклорно-поэтического восприятия действительности народными мастерами. Недаром этот храм стал образцом для сооружения вятских церквей на рубеже XVII - XVIII столетий.
Объемно-пространственное построение «звонницы» включало три последовательно уменьшающихся яруса. Над кубическим основанием, фасады которого оформлены крупным рустом и дорическим антаблементом, возвышался четверик звона и восьмигранный объем верхнего яруса со шлемовидным куполом и небольшим шпилем в завершении. Музыкальную клавиатуру Преображенской колокольни составляли двенадцать колоколов. Среди них, как особо древний, берегли колокол с изображением Распятия, отлитый в 1627 году.
Древнейшей иконой считался образ старого письма «Преподобного Михаила Малеина», пожалованный, по преданию, царем Михаилом Федоровичем при основании монастыря.
Из последующих перестроек следует отметить возведение в 1883 году второго этажа над переходом между колокольней и теплым храмом, помещение которого использовали под ризницу.
Позднее, когда в 1924 году монастырь расформировали, внутреннее пространство холодной церкви было разделено на два этажа и приспособлено под жильё, а в 1930-е годы лишилась верхних ярусов колокольня.
В настоящее время здание церкви возвращено вновь действующему в Вятской Епархии Спасо-Преображенскому женскому монастырю.
Спасо-Преображенская церковь, конец XVII - начало XVIII вв.
